- Chẩn đoán và điều trị các bệnh lý chuyên ngành ngoại khoa tiêu hóa và ngoại nhi cho bệnh nhân trong khu vực.

- Tư vấn, tầm soát, truyền thông rộng rãi các bệnh lý ngoại khoa và ung thư hệ tiêu hóa và dị tật của trẻ em.

- Thường xuyên cập nhật kiến thức, triển khai kỹ thuật mới, đáp ứng yêu cầu phát triển chung của Bệnh viện, của ngành và Bộ Y Tế.

- Cùng với Trường Đại Học Y Dược Huế Huế tham gia đào tạo cán bộ y tế về kỹ thuật, nghiệp vụ chuyên môn thuộc lĩnh vực ngoại nhi và ngoại tiêu hóa ở các bậc đại học và sau đại học. Phối hợp với Trường Đại Học Y Dược Huế đào tạo Nghiên cứu sinh, BS Chuyên Khoa II, Thạc sỹ, Bác sỹ nội trú, Chuyên Khoa I, Sinh viên Đại Học Y Dược Huế, Đại Học Duy Tân, Sinh viên nước ngoài.

- Đào tạo theo yêu cầu của các Bệnh viện các tỉnh miền Trung và Tây nguyên.

- Nghiên cứu khoa học và hỗ trợ cho các đơn vị bạn trong công tác Nghiên cứu khoa học.

- Thực hiện nhiệm vụ hợp tác quốc tế với các tổ chức trong và ngoài nước để nâng cao trình độ chuyên môn và phát triển chuyên ngành ngoại nhi, ngoại tiêu hóa và phẫu thuật nội soi.

- Đào tạo cơ bản và nâng cao cho các bác sĩ cho các nước trong khu vực Đông Nam Á.

- Nâng cao chất lượng công tác chăm sóc người bệnh toàn diện.

* Các kỹ thuật cao thực hiện thường quy tại khoa:

- Cắt đại – trực tràng tràng nội soi, nội soi 3D và qua đường hậu môn TaTME

- Cắt thực quản nội soi ngực bụng

- Cắt dạ dày nội soi

- Cắt gan hở và nội soi, ghép gan từ người cho chết não

- Cắt khối tá tụy hở và nội soi

- Cắt nang ống mật chủ nội soi

- Phẫu thuật nội soi điều trị thoát vị bẹn TEP và TAPP, thoát vị thành bụng

- Phẫu thuật Kasai điều trị teo đường mật bẩm sinh, ghép gan trẻ em

- Phẫu thuật Soave qua ngã hậu môn và nội soi điều trị bệnh megacolon

- Phẫu thuật teo thực quản, phẫu thuật nội soi tạo hình khúc nối bể thận trẻ em

- Phẫu thuật điều trị không hậu môn một thì, sử dụng túi Silo điều trị thành công nhiếu trường hợp thoát rốn và vị khe hở thành bụng phức tạp.

* Phối hợp với các khoa bạn thực hiện các kỹ thuật ít xâm nhập:

- Khoa Nội soi: Nội soi mật tụy ngược dòng lấy sỏi mật, cắt polyp trực tràng, nong hẹp miệng nối thực quản

- Khoa Thăm dò chức năng: Dẫn lưu đường mật qua da, sinh thiết lõi, Đốt sóng cao tần (RFA), Microwave u gan dưới hướng dẫn siêu âm.

- Khoa Xquang: Tắc mạch hóa dầu điều trị u gan (TOCE), dẫn lưu đường mật qua da dưới CT scan

- Khoa Nội thận: Đặt catheter lọc màng bụng chu kỳ

- Khoa Hồi sức cấp cứu và Đột quỵ: Đặt catheter lọc màng bụng cấp cứu

- Trung tâm Nhi: Phẫu thuật cắt khối u nguyên bào thần kinh giai đoạn tiến triển để có thể ghép tuỷ.

- Phối hợp trung tâm ung bướu xạ hóa trị trước mổ đối với những trường hợp ung thư giai đoạn tiến triển tại chỗ và di căn.