Cùng với sự hình thành và phát triển của Trung tâm Nhi, Khoa Nhi Ung bướu – Huyết học – Ghép tủy được hình thành qua các giai đoạn sau:

• Trước tháng 5/2013: Đơn nguyên Nhi Huyết học, thuộc Khoa Nhi, Bệnh viện Trung ương Huế. Nhiệm vụ: điều trị các bệnh lý chuyên khoa hệ huyết học.
• Từ tháng 5/2013-tháng 5/2020: được nhập vào Khoa Nhi Tổng hợp II thuộc Trung tâm Nhi, Bệnh viện Trung ương Huế. Trong thời gian này, các lĩnh vực chuyên khoa huyết học và ung thư tiếp tục phát triển; đặc biệt từ năm 2019 hình thành đơn vị ghép tủy bắt đầu triển khai ghép tủy tự thân trong điều trị các bệnh lý ung thư trẻ em.
• Từ tháng 5/2020 đến nay: tách ra từ khoa Nhi Tổng hợp II và trở thành Khoa Nhi Ung bướu – Huyết học – Ghép tủy; tiếp tục phát triển các lĩnh vực chuyên khoa về cả số lượng và chất lượng.
• Đặc biệt, từ tháng 9/2024 đến nay, dưới sự hỗ trợ và hợp tác từ các tổ chức và các chuyên gia đến từ Ý và Đức đã bắt đầu triển khai làm xét nghiệm sàng lọc HLA miễn phí đồng thời tiến hành ghép tủy đồng loại trong điều trị Thalassemia. Đến nay đã có 45 trẻ ung thư được ghép tủy tự thân và 10 trẻ Thalassemia được ghép tủy đồng loại, mang lại tiếng vang lớn tại khu vực miền Trung và cả nước.