Khoa Nhi Hô hấp được thành lập năm 2017, tách từ Khoa Nhi Tổng hợp 1 – Trung tâm Nhi khoa, Bệnh viện Trung ương Huế. Tháng 05/2020, khoa được tổ chức độc lập với tên gọi Khoa Nhi Hô hấp – Miễn dịch - Dị ứng, sau đó đổi tên thành Khoa Nhi Hô hấp như hiện nay.

Trong quá trình hoạt động, khoa đã không ngừng phát triển và lớn mạnh cả về chuyên môn của đội ngũ cán bộ lẫn cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại, nhằm đáp ứng hiệu quả nhu cầu khám, chẩn đoán và điều trị các bệnh lý hô hấp, miễn dịch và dị ứng cho trẻ em tại thành phố Huế, khu vực miền Trung – Tây Nguyên, cũng như bệnh nhân từ các tỉnh thành trong và ngoài nước.