Trung tâm Ghép tạng trực thuộc Bệnh viện Trung ương Huế được thành lập vào tháng 8 năm 2019, tiền thân là Đơn vị Điều phối ghép tạng được thành lập năm 2015. Đây là Trung tâm Ghép tạng đầu tiên ở khu vực miền Trung - Tây Nguyên.

Trong giai đoạn đầu, Trung tâm hoạt động theo cơ chế “mềm”, cơ cấu tổ chức bao gồm:

1. Phòng Điều phối Ghép tạng;

2. Khoa Ghép tạng trên cơ hoành;

3. Khoa Ghép tạng dưới cơ hoành;

4. Khoa Điều trị miễn dịch trước và sau ghép;

5. Khoa Điều trị hồi sức trong và sau ghép;

6. Khoa Xét nghiệm-Chẩn đoán hình ảnh và Thăm dò chức năng.

Mỗi khoa phòng của Trung tâm đảm nhận nhiệm vụ riêng như: tiếp nhận bệnh nhân và người hiến, thực hiện kiểm tra chuyên môn, chuẩn bị trước ghép, thực hiện các ca phẫu thuật ghép và chăm sóc điều trị trong và sau ghép, trực tiếp kiểm tra hồ sơ pháp lý của các trường hợp ghép tạng và mang thai hộ, giúp việc cho Hội đồng ghép tạng Bệnh viện và báo cáo các hoạt động liên quan đến ghép tạng cho Trung tâm điều phối Quốc gia về ghép bộ phận cơ thể người.