Năm 1920, nhận thấy sự cần thiết của việc phòng chống các bệnh mắt hoành hành lúc bấy giờ, đặc biệt bệnh mắt hột, quặm mí và tật khúc xạ, Viện mắt Albert Sarraut (mang tên viên Toàn quyền Đông Dương thời bấy giờ) được thành lập tại Bệnh viện Trung ương Huế, với 30 giường bệnh nội trú, đặt nền móng cho ngành Mắt đầu tiên tại TP Huế và Miền Trung. Giám đốc viện mắt đầu tiên là Bác sỹ Talbout, tiếp là Bác sỹ Leon Collin, Bác sỹ Comes, rồi đến Bác sỹ Le Couturier, cho đến ngày Cách mạng tháng Tám thành công thì Bác sỹ Hoàng Mộng Lương được cử làm giám đốc bệnh viện Huế kiêm cả Khoa Mắt và Khoa Tai Mũi Họng. Tiếp theo sau đó là Bác sỹ Phạm Bá Viên rồi đến Bác sỹ Lê Huy Bính. Cho đến ngày 21/8/1959, được sự viện trợ của trường Đại học Freibourg (Tây Đức) Trường Đại học Y khoa Huế ra đời và Bác sỹ Lê Bá Vận là người đầu tiên được cử làm trưởng khoa mắt.
Sau năm 1975, Bộ Y tế cử Bác sỹ Lê Minh Hạnh (Bác sỹ nhãn khoa ở bệnh viện Đống Đa – Hà Nội) vào phụ trách khoa mắt bệnh viện trung ương Huế một thời gian ngắn từ năm 1975 - 1980. Đến năm 1980, Trường Đại học Y hòa nhập với bệnh viện trung ương Huế thành Học viện Y Huế, Bác sỹ Lê Bá Vận được cử làm trưởng khoa cho đến năm 1985.
1985 – 2008: Bác Sỹ CKI Trần Đình Lập đảm nhận chức vụ trưởng khoa.
Từ năm 2008 – 2014: Bác sỹ CKII Nguyễn Quốc Việt giữ chức vụ trưởng khoa.
Đến năm 2010, tổ chức Đông Tây Hội Ngộ - Hoa Kỳ đã đầu tư xây dựng mới, với cơ sở vật chất khang trang và trang thiết bị hiện đại đáp ứng đầy đủ tiêu chuẩn Trung tâm chuyên khoa quy mô trên 50 giường phục vụ người bệnh.
Từ năm 2014 đến nay, Bác sỹ CKII Dương Anh Quân tiếp tục kế nhiệm và tiếp quản khoa Mắt.
Đến năm 2019, khoa Mắt nâng cấp thành Trung tâm Mắt.
Với nhiều máy móc, phương tiện hiện đại Trung tâm đã triển khai được hầu hết các kỹ thuật hiện đại trong ngành mắt. Hơn 30 đề tài cấp cơ sở đã được thực hiện và mang tính ứng dụng cao được đồng nghiệp trong ngành đánh giá cao
Nhiều kỹ thuật mới được triển khai như Phẫu thuật võng mạc - dịch kính nâng cao, Phẫu thuật đặt valve điều trị glaucoma, các phẫu thuật điều trị bệnh lý ngoại nhãn như lệ đạo, vá sàng hốc mắt bằng titan hoặc chất liệu tổng hợp, phẫu thuật giảm áp hốc mắt, tiêm nội nhãn bằng các thuốc Anti VEGF thế hệ mới….
Hàng năm đơn vị được đánh giá xếp loại tốt, Chi bộ trong sạch vững mạnh, Công đoàn vững mạnh xuất sắc. Với những kết quả đạt được Đơn vị đã được Nhà nước, Bộ Y tế và Bệnh viện tặng bằng khen và giấy khen về thành tích hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao.
Cán bộ Trung tâm phát triển những tiếp tục những truyền thống quý báu của Y bác sĩ và Thầy cô đi trước, cũng như đưa vào những Kỹ thuật mới nhằm mang lại ánh sáng cho nhân dân vùng bắc Miền Trung. Hướng đến luôn đi đầu trong lĩnh vực Nhãn khoa ở khu vực Miền Trung và Tây Nguyên, hướng đến tầm cả nước và trên thế giới.
Trong vòng 3 năm ( 2022 – 2024), Trung tâm đã khám cho gần 100.000 lượt bệnh nhân, điều trị nội trú cho khoảng 25.000 lượt. Số liệu phẫu thuật là gần 15.000 ca, Thủ thuật khoảng 250.000 lượt.
Bên cạnh việc duy trì các phẫu thuật kỹ thuật cao thường quy như Phaco, Glaucom, các kỹ thuật phức tạp như Ghép giác mạc, U, bong võng mạc vvv. Phát huy lợi thế của Bệnh viện đa khoa, Trung tâm đã phối hợp với các khoa bạn như Trung tâm Răng Hàm Mặt, Khoa Tai mũi họng và Khoa Ngoại thần kinh thực hiện các phẫu thuật như phẫu thuật U hốc mắt lớn, tạo hình mí, tiếp khẩu túi lệ mũi nội soi. Các kỹ thuật mới tiếp tục triển khai như Phẫu thuật Võng mạc Dịch kính, Tầm soát và điều trị ROP, Tiêm nội nhãn điều trị các bệnh lý võng mạc, phẫu thuật tạo hình, các xét nghiêm chẩn đoán hình ảnh như OCT – A, siêu âm, laser... Việc ứng dụng và cải tiến các kỹ thuật mới luôn được chú trọng như ứng dụng Ologen, các loại kính thể thủy tinh loạn thị, đa tiêu, lót sàng bằng chất liệu Titan. Đặc biệt chỉ trong vòng 5 năm từ 2020 – 2024 đã tiến hành ghép …giác mạc từ người hiến, đây là thành quả đạt được từ sự nỗ lực không ngừng của Bệnh viện Trung ương Huế, Trung tâm điều phối ghép tạng và các cán bộ nhân viên Trung tâm mắt và mạng lưới ghép giác mạc Miền trung.
Về đào tạo, Trung tâm đã phối hợp với trung tâm đào tạo BVTW Huế tổ chức các khóa đào tạo Bs định hướng, điều dưỡng, phaco, siêu âm, tiêm nội nhãn, Glaucoma. Số lượng hơn 50 lớp, với tổng số học viện hơn 500. Chỉ đạo tuyến cho các Tỉnh Quảng Trị, Quảng Bình, Hà Tĩnh, Bình Định. Việc phối hợp Viện – Trường được chú trọng thể hiện qua hợp tác trong điều trị và giảng dạy với Bộ môn Mắt Trường Đại học Y Dược Huế như các lớp Y5, Y6, CKI , CKII, Nội trú… Đồng thời duy trì mối quan hệ bền vững với Bộ môn qua công tác giảng dạy vả phẫu thuật.
Thông qua mối quan hệ hợp tác chặc chẽ với các tổ chức SEE, ORBIS, HAWAII EYE FOUNDATION…tiếp tục tổ chức ICEM 5 và 6, các hội thảo nâng cao liên tục được tổ chức, nhiều bác sĩ đã được đi tham quan học tập ở các nước tiên tiến như Mỹ, Pháp, Thái lan...
