Phòng Chỉ đạo tuyến có nhiệm vụ tham mưu cho ban giám đốc trong việc lập kế hoạch, triển khai thực hiện công tác chỉ đạo tuyến của Bệnh viện, hỗ trợ chuyên môn kỹ thuật, nâng cao tay nghề và chất lượng khám chữa bệnh cho các bệnh viện thuộc khu vực miền Trung-Tây Nguyên và cả nước. Phòng Chỉ đạo tuyến cũng là đầu mối triển khai các hoạt động hỗ trợ cho tuyến dưới thông qua các chương trình, đề án của Bộ Y tế qua các thời kỳ khác nhau như “Cuộc vận động tăng cường cán bộ về với y tế cơ sở” (giai đoạn 2000-2003), Đề án “Cử cán bộ chuyên môn luân phiên từ bệnh viện tuyến trên về hỗ trợ các bệnh viện tuyến dưới nhằm nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh”, thường gọi là Đề án 1816 (từ 2008), Đề án bệnh viện vệ tinh (giai đoạn 2013-2020), Đề án khám, chữa bệnh từ xa (Đề án 2628, từ 2020); triển khai việc chuyển giao các gói kỹ thuật cao theo hợp đồng cho các cơ sở y tế có nhu cầu… Hàng năm Bệnh viện Trung ương Huế chuyển giao hàng trăm kỹ thuật cho các bệnh viện tuyến dưới, thực hiện theo cả hai hình thức: cử cán bộ về hỗ trợ tại chỗ cho bệnh viện tuyến dưới và tiếp nhận cán bộ tuyến dưới đến học tập tại Bệnh viện Trung ương Huế. Các hoạt động chỉ đạo tuyến của Bệnh viện đã từng bước nâng cao tay nghề cho cán bộ y tế tuyến dưới, giúp người dân được khám, chữa bệnh chất lượng cao ngay tại địa phương, góp phần giảm tải cho các bệnh viện tuyến trên.